黃體酮膠囊是一種處方藥，其說明書中不良反應項提示突破性出血，陰道點狀出血，體重增加或減少，宮頸鱗柱交界改變，宮頸分泌物性狀改變，乳房腫脹，噁心，頭暈。頭痛，倦怠感，發熱，失眠，過敏伴或不伴搔癢，黑斑病，黃褐斑，阻塞性黃疽，肝功能異常。
有文獻對用雌孕激素製劑對雌激素水平低下的女性的治療效果進行了探討和研究，研究結果顯示，在使用黃體酮膠囊進行治療的56例女性中，有3例女性出現乳房脹痛的症狀，有1例女性出現月經紊亂的症狀，其不良反應的發生率為7.14%。
有文獻在進行黃體酮治療黃體功能不全所致先兆流產的臨床觀察中，結果表明36例先兆性流產患者中，總有效率為94.44%，其中胃腸道不適2例，乳房脹痛1例，頭暈1例，不良反應發生率為11.1%。
有文獻研究表明，黃體酮膠囊治療黃體功能不全致先兆流產的臨床療效優於肌肉注射給藥，其不良反應發生率較低，臨床依從性較好。
綜上所述，黃體酮膠囊的副作用有突破性出血，陰道點狀出血，體重增加或減少，宮頸鱗柱交界改變，宮頸分泌物性狀改變，乳房腫脹，噁心，頭暈。頭痛，倦怠感，發熱，失眠，過敏伴或不伴搔癢，黑斑病，黃褐斑，阻塞性黃疽，肝功能異常。患者在使用該藥時，要遵醫囑服用。用藥過程中，若發現新的副作用，及時告知醫生。
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