雖然小兒癲癇的病因十分複雜，但隨著醫學科技的快速發展，大部分病因已被人們明確認識，總體來講從病因學上可將癲癇分作三大類，一類是沒有明確病因的癲癇，這一類癲癇佔癲癇患者總數20％，大多與遺傳有關，稱為特發性癲癇。第二類為隱源性，考慮存在病因，但現在的醫療技術還查不出來。
第三類是可查出明確病因的癲癇，也稱症狀性癲癇或繼發性癲癇，最常見的病因包括：
1、先天腦發育畸形：如無腦回畸形，巨腦回畸形，多小腦回畸形，灰質異位症，腦穿通畸形，先天性腦積水，肼胝體發育不全，蛛網膜囊腫，頭小畸形，巨腦症等。
2、神經面板綜合症：最常見的有結節性硬化，神經纖維瘤病和腦三叉血管瘤病等。
3、遺傳代謝病：如苯丙酮尿症，高氨血癥，腦脂質沉積症，維生素B6依賴症等。
4、圍產期腦損傷：主要是產傷、窒息、顱內出血、缺氧、缺血性腦病，中其以缺氧缺血性腦病而致癲癇者最常見。
5、顱內感染：如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、腦膿腫、黴菌性腦膜炎、腦寄生蟲病、接種後腦炎、傳染後腦炎等。
6、營養代謝障礙及內分泌疾病：常見有的低血糖、低血鈣、低血鎂、維生素B6缺乏，甲狀腺功能低下。
7、腦血管病：如腦血管畸形、顱內出血、腦血管炎、腦梗塞等。
8、外傷：由外傷而致的顱內出血、顱骨骨折、腦挫裂傷等均可引起癲癇，但發病率與損傷程度及部位有關。
9、高熱驚厥後腦損傷導致癲癇：不論哪種原因引起的癲癇，積極治療原發病，迅速控制發作，接受正規、合理、無毒副作用的治療是疾病順利康復的保證。
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