目前觀點認為多囊卵巢綜合徵是個終身疾病，需要對患者進行定期監測。許多學者對PCOS的自然病程進行了隨訪研究。
報道指出，接近更年期的PCOS女性經常會恢復規律性的月經，體內的雄激素水平隨之下降。其原因為卵巢老化，抑制素水平降低，卵泡刺激素(FSH)水平逐漸升高，月經週期改善。說到自愈，多囊既然叫“綜合徵”，是一些臨床症狀綜合在一起發生的。但具體到某一個病人，這些症狀不會都出現。或有些人的某些症狀表現較輕，另一些症狀可能較重。比如，有的多囊女性月經稍不規律，沒有出現不排卵或稀發排卵，又正好懷了孕，那疾病對懷孕的影響就沒有了。如果她本身很注意調整生活方式，人比較瘦，長期健康的影響也比較小。這種情況談不上自愈，但疾病影響確實不大。另外，女性的卵巢功能會隨著年齡逐漸衰退，多囊患者的卵巢功能也如此。
普通婦女到40歲時，卵巢功能逐漸接近絕經狀態，平均絕經年齡為48歲。多囊患者可能到40歲時，卵巢功能和正常婦女的30歲時差不多。在絕經前十年，多囊女性的卵巢就和正常婦女差不多，疾病症狀也減輕了。換個角度看。到絕經前，多囊女性的卵巢裡有一些小卵泡，學術上叫竇卵泡。這種卵泡數量偏多，女性體內的雌激素水平就稍高一點。40歲後，普通更年期婦女保健可能要做激素補充。
但多囊患者到快絕經時，可以不用補激素，骨質疏鬆的發病率也較其他人低。從這個角度看，多囊對女性健康還是有一點好處的。
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