顱腦伽瑪刀也有禁忌症。主要有以下幾方面的內容：
（1）顱內動脈瘤：伽瑪刀早期對動脈瘤進行過嘗試性的治療，總的說來全世界治療病例不多，後被排除在伽瑪刀適應症之外。原因主要為動脈血流太快不容易閉塞，而且動脈瘤隨時有破裂出血的危險，不允許伽瑪刀做長期的療效隨訪觀察。只有那些難以介入栓塞和不能開顱手術並且位於腦內動脈遠端的微小動脈瘤以及AVM畸形血管巢內合併微小的動脈瘤且不能栓塞者才可考慮伽瑪刀治療。我認為還是把單純性腦動脈瘤歸於禁忌症為好，以免引起臨床混淆。
（2）巨大腦腫瘤：顱內腫瘤巨大，顱內壓增高明顯，腦中線結構向對側明顯移位者。此時患者表現劇烈頭痛、惡性、嘔吐等。
（3）顱內囊性病變：腦囊腫、膽脂瘤是伽瑪刀的禁忌症。囊性顱咽管瘤不適合首先採用伽瑪刀治療，在開顱手術或者立體定向手術放出囊液後才可考慮用伽瑪刀治療其囊壁，防止復發。
（4）腦腫瘤合併梗阻性腦積水：多見於三腦室、四腦室及松果體區腫瘤的患者。如果是生殖細胞瘤引起的輕微梗阻性腦積水，是可以在嚴密觀察下行伽瑪刀治療的。如果腦積水比較嚴重，不管是什麼病變，應先行腦室-腹腔分流術或開顱手術解除腦積水後才可考慮伽瑪刀治療。
（5）鞍區巨大腫瘤：如果腫瘤已經明顯壓迫視覺通路，患者視力和視野嚴重障礙，近期面臨失明者。這樣的病人首先應該考慮開顱手術，術後如果有殘瘤再考慮伽瑪刀治療。
（6）延髓內腫瘤：延髓是腦內最重要的部位。此部位的腫瘤伽瑪刀治療同樣可以發生類似於開顱手術那樣的風險。筆者多年前治療了一例延髓轉移瘤的患者，儘管邊緣劑量只有9Gy,但患者一週後還是死於呼吸迴圈衰竭。筆者對延髓內腫瘤的伽瑪刀治療持謹慎態度，視為禁忌症對待為妥。如果是延髓周邊病變涉及到延髓並且壓迫不嚴重才可考慮伽瑪刀治療，但必須控制好劑量。
（7）顱內脂肪瘤。
（8）腦寄生蟲：如腦囊蟲、腦包蟲等。
（9）顱內炎性病變：如腦膿腫。
（10）患者全身情況極差，嚴重惡病質不能耐受伽瑪刀治療者。
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