椎間孔鏡手術治療腰椎間盤突出症是一種微創手術，優良率可以達到90-95％。儘管是一種微創的手術，椎間孔鏡手術後仍有一部分病人會感到疼痛。因為它畢竟是一個外科手術，會帶來一定的創傷，當然與傳統手術相比，這種損傷已經降到非常低。
椎間孔鏡手術引起術後疼痛幾個原因主要包括肌肉的損傷、關節突成形術後損傷、纖維環的損傷、神經根的刺激、水腫等。
多數的腰椎間盤突出症病人術前疼痛非常明顯，手術後由於神經壓迫得到解除，原來的疼痛明顯緩解，所以大多數的病人椎間孔鏡術後新出現的疼痛感覺都不是很在意，不過還是有一部分病人覺得有比較明顯的疼痛，還有的患者術後雖然疼痛緩解了，但不久後又出現;有的患者做完手術後腰痛的感覺還在;有的患者則感覺全身都在疼……，這些情況都是為什麼呢?是不是一定就是手術沒做好嗎?
術後早期腰痛
很多時候是傷口的疼痛，一般多不是很劇烈，服用消炎鎮痛藥後多可以緩解或改善，一般術後3-5天可以明顯改善。
術後反跳痛
有些患者術後疼痛消失了，但很快又出現了，這種情況稱為反跳痛。這種情況主要是因為神經根的水腫、刺激，突出的椎間盤拿掉一部分後，會留出了一個空隙，它會被組織水腫、出血填充。這個時候雖然椎間盤不再壓迫神經了，但是凝血塊、壞死組織會刺激神經，神經本身也會充血、水腫。隨著時間推移，凝血塊被身體吸收，水腫也逐漸消退，神經根逐漸得到在這個康復的過程中，有些患者會出現明顯的症狀加重過程。一般加重的時間從術後3-5天開始，持續到2-4周，也有少數病人持續2-3個月後才逐漸恢復。
術後遊走性疼痛
有些患者感到術後不僅腰腿部疼痛，身體其他部位也會出現疼痛，並且疼痛部位、疼痛感覺也會不斷地變化，這種情況考慮是一種遊走性疼痛，和神經恢復的過程有關，神經在恢復過程中會對外界的刺激更加地敏感，造成痛閾下降，實際上是一種好的變化，需要輔助一些神經營養藥物治療，多數隨著神經功能的修復會逐漸改善。
術後機械性腰痛
椎間孔鏡手術摘除了突出的髓核組織，減輕了神經根的壓迫，但本身椎間盤是一個關節，手術本身並沒有改進這個關節的功能，需要術後康復，尤其是針對性的肌肉康復鍛鍊才能改善脊柱的穩定性。
所以一部分病人腿痛的症狀改善，但是仍殘留一部分的腰痛，這和這個節段本身的穩定性下降有關，而年齡較大的病人，除了手術節段之外，其它鄰近的腰椎運動節段也存在一定的退變，也會造成腰痛。
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