甲真菌病（灰指甲）的治療目前主要是口服抗真菌藥物，最常見的是伊曲康唑，200mg/次，2/日，服一週，停3周，共3-4個療程；或鹽酸特比萘芬，250mg/日，2-3個月。這兩種藥物相對比較安全，但也可能對肝功能造成一定影響，在臨床中表現為少數患者在服藥一段時間後，轉氨酶增高，但這種改變是可逆的，停藥後可以恢復。轉氨酶升高有很多原因，如肝炎、感冒、藥物、勞累等，是長期轉氨酶不正常還是偶然情況。如果只是偶然升高，還是可以採取口服藥物治療，每個月複查肝功能。即使轉氨酶長期升高，在檢測肝功能的情況下也還是可以使用口服藥物治療的！而不是某些外面治療灰指甲的江湖人士宣揚的口服抗真菌藥物是洪水猛獸！ 外用軟膏和溶液治療甲癬效果不好，因為藥物無法滲透入甲板。然而阿莫羅芬擦劑或巴特芬擦劑可用於未感染甲半月的輕中度甲癬。
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