一、常見暫時性併發症
肉毒毒素注射後的常見短期併發症包括：疼痛、水腫、瘀斑、紫癜、短期感覺減退、注射後短期頭痛、長時間偏頭痛（不常見）。
對於感覺遲鈍及紫癜，可通過注射前局麻、正確的注射技巧、注射前後冰敷等措施儘量避免。
注射後頭痛有兩類：輕微頭痛（可以一般非處方止痛藥治療）、嚴重頭痛（報道少見，必要時可以強效止痛藥和口服皮質類固醇治療）。
為減低紫癜風險，應叮囑患者術前避免服用影響血小板功能的藥物（非類固醇類抗炎藥、阿司匹林等）。
二、嚴重副反應
1、眉間併發症
上瞼下垂是眉間單元注射肉毒毒素的最常見併發症之一；其原因被認為是，毒素擴散導致提瞼肌被麻痺；可使用腎上腺素能眼藥水改善（收縮苗勒氏肌提瞼）。
避免出現上瞼下垂的最好方法是，不要對之前已有一定程度瞼下垂的患者（其額肌衰弱）注射。此外，大力按摩或向下按摩，也可能導致瞼下垂。當眉間皺紋向下延伸為皺鼻紋，在治療皺鼻紋時，應避免注射鼻翼提上脣肌和提上脣肌，以防上脣下垂。
2、前額與眉部併發症
在治療前額水平皺紋時，為避免瞼眉下垂，注射點應位於眶緣上方1-2cm，以減小擴散。向降眉肌注射小量毒素，也可防止眉下垂。選擇合適的患者是關鍵。在注射額肌中部時，如果不對額肌外側作平衡注射，則可能導致眉外側上提的異樣表情。對此的矯治措施是，對之前未注射的外側肌肉補充注射少量毒素。
3、眼周併發症
任何眼周注射均可能導致瘀腫、複視、麻痺性瞼外翻或眼輪匝肌下垂。
如果出現複視，遮蓋一隻眼睛可作緩解。為預防複視，注射點位應在眶緣以外，以免毒素擴散進入眼球外肌。如果不小心注射到顴大肌或顴弓下區域，則可能導致頰與脣下垂。眼輪匝肌注射治療魚尾紋時，注射點位應顴支切跡上方1cm以上，以防出現中面部和脣下垂。為避免中面部和脣下垂，對眼輪匝肌注射時，範圍應限制在眼窩外1cm，或外眥外側1.5cm以內，避免接近顴弓下緣。
4、口周併發症
儘管下面部注射大多數使用填充劑，但輔助使用肉毒毒素也非常有價值。
在治療口周皺紋時，注射口輪匝肌應保守。口輪匝肌可經上下脣注射，注射時應保持對稱和淺表。注射應保守，注意對稱、淺表過量注射口輪匝肌，可能導致閉脣、進食、刷牙困難等顯著副反應；此外還可能導致笑容不對稱或言語障礙（B、P等子音發音困難）、脣本體感受減弱等。因此，在術前須對所有患者（特別是以音樂、播音、演藝為職業者）宣告這些潛在風險。口輪匝肌萎縮還可能導致脣t繼發性扁平。此時，可在脣緣注射真皮填充劑予以矯正。如果注射點位距離口輪匝肌過高，可能導致上脣內翻、外翻或暫時性下垂。降下脣肌收縮將形成皺紋，並使嘴部隨年齡增長而永久性下墜。此時，可通過注射真皮填充劑或肉毒毒素改善，注射點位不應高於脣與下頜間中點，以便軟化脣頦溝。
降下脣肌需經觸診確定其位置。注射降下脣肌時，如果點位太靠近嘴部，則可能導致單側麻痺。一種好的方法是，首先讓患者咬緊上下頜，以確認降下脣肌的位置；接著，向每側降下脣肌下部注射肉毒毒素。
降下脣肌注射點位；避免太接近嘴部肉毒毒素注射用於治療鼻脣溝，極少成功，因此最好避免。肉毒毒素治療鼻脣溝，可能影響口腔機能並導致發音困難。大部分情況下，應以真皮填充劑治療鼻脣溝。
5、頦部與頸部併發症
肉毒毒素注射頦肌（頦部外側至中線），常用與治療頦部凹陷。頦部凹陷是由於頦肌活動加上頦部膠原及皮下脂肪缺失所致。
注射頦肌時，如果不小心注射到降脣肌，可能導致下脣凹陷。
對於伴有頦肌肥大的頦部凹陷患者，由於其特別容易出現口功能障礙，因此應避免注射頦部。對頦溝部過度注射，可能導致影響口功能或導致笑容不對稱。但是，在下巴位置注射頦肌，的確可顯著柔化該部位輪廓。注射後，應進行充分按摩。
肉毒毒素還可用於治療頸闊肌帶（豎紋）和頸部橫紋。面板彈性良好、頦下脂肪缺失少的患者，適合接受頸闊肌帶注射。由於頸闊肌屬於淺表肌肉，因此注射時切忌過深，否則可能導致吞嚥困難（有生命危險）或變聲。
6、系統性併發症
肉毒毒素致敏是劑量依賴型併發症：一般情況下，美容患者的最大注射劑量為20-100U，其出現排斥反應的機率較治療性患者（注射劑量高達300U）小得多。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。