腸道菌群失調的治療需採取去除病因和給予微生態調節劑的綜合措施，具體要做到以下幾個方面：
1、找並去除誘因：對於特異性病原如志賀菌引起的慢性菌痢，真菌引起的腸炎、艱難梭狀芽孢桿菌引起的假膜性腸炎等，需要選擇敏感的抗生素進行治療；如果有難以去除的誘因如器官移植後使用免疫抑制劑，腫瘤病人行放療等，應加強扶正治療。
2、生素使用的管理：因使用抗生素尤其是廣譜抗生素導致的菌群失調，要在嚴密觀察下停用廣譜抗生素或改用窄譜的敏感抗生素。
3、改善病人全身狀況：全身情況的改善與腸道菌群的自身調整有著密切的關係，注意通過各種治療改善病人的全身狀況。
4、調整飲食：飲食應注意吃些新鮮易消化的食物，一次進食量不宜過多，保證足夠的維生素。對腐敗性腹瀉，可採用高碳水化合物和低蛋白飲食，對發酵性腹瀉應採用高蛋白、低碳水化合物飲食。
5、微生態調節劑的服用：使用微生態製劑的主要目的是提髙雙歧桿菌、乳酸桿菌等有益菌的含量，恢復腸菌群的平衡。
預防腸道菌群失調的發生，應從機體內外兩個方面加強管理。患有慢性消耗性疾病又確有感染的患者（如信中提到的蔡先生）在使用抗生素時，應嚴格掌握適應症，作藥物敏感試驗，有針對性地選擇最敏感的窄譜抗生素治療，並儘量腸道外給藥，而且用量不宜過大，療程不宜過長，應杜絕無理由地長期大量使用廣譜抗生素。老人、嬰幼兒及病後體弱者在使用抗生素或者激素的同時，可以配合使用微生態調節劑和適量補充維生素。
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