常見的致病菌為金黃色葡萄球菌。膿腫可原發於急性化膿性感染，或由遠處原發感染源的致病菌經血流、淋巴管轉移而來。往往是由於炎症組織在細菌產生的毒素或酶的作用下，發生壞死、溶解，形成膿腔，腔內的滲出物、壞死組織、膿細胞和細菌等共同組成膿液。由於膿液中的纖維蛋白形成網狀支架才使得病變限制於區域性，另膿腔周圍充血水腫和白細胞浸潤。最終形成的肉芽組織增生為主的膿腔壁。膿腫由於其位置不同，可出現不同的臨床表現。急性細菌性心內膜炎，常因致病力強的細菌引起，以金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、肺炎球菌、流感桿菌、變形桿菌和大腸桿菌為多見。這些細菌毒力較強，起病急，病情重，常繼發於其他部位的感染，為全身感染的一部分，如腦膜炎、肺炎、血栓性靜脈炎等，有時伴有其他器官的轉移性化膿病灶。通常發生於正常心臟。
本病預後取決於治療早晚，抗生素對原發細菌的控制能力，心臟瓣膜的損傷程度及患者的抵抗能力，金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、肺炎雙球菌、革蘭氏陰性桿菌等，由於細菌毒力強，可較快使感染的瓣葉損傷，在抗生素治療過程中若出現心力衰竭或原心力衰竭加重，出現新的雜音或雜音多變，有栓塞現象等，均為感染不能控制的徵兆，需考慮更換抗生素。加強支援療法，改善一般情況後，爭取早日手術，延遲過久，病情可能進行性惡化，常喪失手術機會。
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