甲狀腺腫瘤最主要的治療手段是外科手術。
分化型及早期未分化甲狀腺癌治療上主要是手術切除，其他治療如化療效果很難確定，因此甲狀腺乳頭狀癌是不建議化療的。分化型甲狀腺癌放療是基本不予採納的，除非很晚期的姑息性放療。未分化癌可採取化療，但一般預後較差。
放射性核醫學治療如碘131，有其適應症，並不適合早期甲狀腺癌。僅有區域性轉移可以頸清掃完全切除原發腫瘤及頸部淋巴結轉移的病例，也不建議過早應用核醫學手段，因為畢竟存在放射性核汙染及全身接受放射性物質輻射。因為輻射汙染是個隱患，這種手段不排除導致第二原發癌的可能性。對於有全身多發轉移：如骨、肺轉移的患者，這些患者人群才建議採用該治療手段。未分化癌，一般不攝碘，碘131治療無效。
服用甲狀腺激素，通過外源性激素降低血液TSH水平，從而抑制甲狀腺來源的腫瘤的生長，達到治療目的，是手術後的常規治療手段，不宜在手術前長時間應用(這裡從甲狀腺惡性腫瘤角度而言，甲低等情況除外)。
因此，發現甲狀腺腫瘤，不能排除惡性的，建議儘早手術，一方面能早期確診，避免延誤治療時間。另一方面，能夠避免錯誤的治療而喪失治癒機會。早期規範的手術，大量的患者能夠完全治癒。是治癒率最高的惡性腫瘤之一。
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