臨床上結腸鏡診療的併發症雖然比較少見，但卻無法避免，嚴重者可能致命，不管是內鏡醫生還是患者都不能忽視。據文獻資料，一組超過25000例診斷性結腸鏡的研究報告總的併發症（主要是出血和穿孔）發生率為0.35%，結腸鏡下息肉切除併發症發生率升高到2.3%。當然，隨著內鏡醫生經驗的增加，併發症的發生率會有所降低。
一、穿孔
結腸鏡檢查併發腸穿孔的比例較低，診斷性腸穿孔發生率逐漸下降，隨著腸鏡下治療的廣泛開展，治療性腸穿孔所佔比例增高，發生穿孔後可引起腹腔積氣、感染、膿毒血癥、住院日延長甚至死亡。穿孔部位多數位於乙狀結腸及其移行部，原因是該處腸腔相對狹窄，結腸繫膜長，腸管迂曲遊離性大，鏡檢時易拉長遊離的腸管或鏡身容易結襻，易造成乙狀結腸穿孔。
二、出現穿孔的原因
1、進鏡時未遵循循腔進鏡原則，在未見腸腔走向或遇阻力時，盲目進鏡頂破腸壁，鏡身在腸腔內結襻，結腸過度伸長出現撕裂穿孔;
2、檢查時過度注氣造成腸腔內壓力過大，加之原有疾病易造成損傷和穿孔;
3、取活檢時咬取過深，尤其是潰瘍型結直腸癌易發生穿孔，應在潰瘍病變邊緣處取材，不要在潰瘍底部用力鉗取，注意把握咬取的部位及深度;
4、腸道準備欠清潔導致視野模糊不清，經驗不足和動作粗暴都易造成穿孔;
5、結腸鏡下治療息肉時，尤其是無蒂或亞蒂息肉，若圈套器所套位置過於貼近腸壁，電凝的功率、時間及部位掌握不好，容易發生腸壁全層損傷;
6、在無痛腸鏡檢查時，因被檢查者對腹脹及腹痛無應激性反應，肌張力鬆弛，腸腔內過度充氣等因素容易出現腸黏膜撕裂穿孔。
當懷疑腸穿孔時，立即吸除腸內氣體並退鏡，平臥，吸氧，行腹部立位平片，如發現氣腹即可以確診腸穿孔。腸穿孔的治療取決於患者的能否耐受手術及有無腸道的器質性疾病，對於較大的穿孔，尤其是合併感染或腸道不清潔有較多內容物流入腹腔時，儘早外科手術治療，行穿孔部位切除或修補術；對於腸道準備清潔且無合併腸道腫瘤等疾病的患者，可採用單純性穿孔修補術。對於合併腫瘤的患者，若能耐受大手術，則行腫瘤根治性切除術後一期縫合；若為老年體質差患者，可行修補加造瘻術，一般情況改善後再行二期手術。腸鏡穿孔也可以通過內鏡下閉合方法進行即刻縫合或者封堵（如鈦夾和內鏡輔助縫合器械），從而避免了手術，促進患者的恢復。
二、氣胸、縱隔氣腫、陰囊氣腫和靜脈血栓
大腸穿孔後腸內氣體逸入腹腔，由於穿孔部位不同，因而造成的後果亦不相同：若腹腔氣體通過橫膈裂孔，進入胸腔，出現氣胸，若氣體進入後腹膜腔，繼而進入縱隔，則發生縱隔氣腫，如縱隔胸膜破裂，則可同時出現胸腔和縱隔氣腫，少數患者可以發生雙側氣胸，引起心肺功能衰竭。
三、出血
結腸鏡檢查，特別是治療性手術後，腸道出血是最容易發生的併發症之一。活檢、息肉切除、電燒等腸鏡下治療發生出血的機率遠高於診斷性腸鏡檢查。出血可能在息肉切除後很快發生，也有在術後數天才出現。出血部位可以通過內鏡檢查或紅細胞核素掃描確定。報告的息肉切除術後出血的發生率為0.3%~6.1%，診斷性結腸鏡出血發生率為0.09%。結直腸息肉切除1h後發生的出血稱為遲發性出血，出血量大的患者需行內鏡下止血治療，而出血量小的患者大多為自限性出血，無需內鏡下止血治療。腸鏡檢查後持續腹痛或血壓下降時要警惕腹腔內出血，應及時進行腹部超聲及CT等檢查。
結腸息肉切除術後併發出血採取的止血方法主要有電凝止血、氬氣噴凝、止血夾封閉創面、噴灑止血藥物、結腸鏡下注射止血藥物等。
四、腸道準備相關併發症
結腸鏡檢查前清潔腸道是為了更好地觀察結腸黏膜，另外，還可以降低腸腔內有潛在爆炸性氣體的濃度。已報道的腸道內氣體爆炸的併發症極少。一組研究發現儘管只用標準的磷酸蘇打灌腸行乙狀結腸鏡檢查前的準備，有10%的患者腸腔內有可燃氣體氫氣和甲烷，而用聚乙二醇（PEG）行腸道準備的患者沒有可燃氣體。其他研究發現用甘露醇行腸道準備有腸道氣體爆炸的潛在危險（做腸鏡還會發生爆炸？）。含有聚乙二醇的平衡鹽液和非聚乙二醇液如枸櫞酸鎂和磷酸鹽(口服磷酸蘇打)，在老年人、腎功能不全或淤血性心衰的患者，兩種準備方法都可能引起致命性水電解質紊亂。口服腸道準備的其他少見併發症有嘔吐引起的賁門粘膜撕裂綜合徵、食管穿孔和吸入性肺炎等。
五、化學性腸炎
化學性結腸炎是由於使用外源性化學制劑引起的急性結腸黏膜受損，臨床症狀以腹痛、腹脹及裡急後重、粘液血便為主，一般不伴隨有發熱、畏寒，噁心、嘔吐或體重減輕等全身症狀。目前臨床上常見的化學性結腸炎多由醫源性因素引起，可引起化學性結腸炎的常見藥物有：水溶性造影劑泛影葡胺、消毒劑戊二醛及過氧乙酸、常用灌腸所用肥皂水，甚至有如中草藥、開塞露、食用醋等灌腸後引起化學性結腸炎的報道。
戊二醛是目前對醫療裝置進行徹底消毒的最常用的消毒劑，廣泛應用於各種內窺鏡的消毒。對於接受腸鏡診療術的患者，在術後２～４８ｈ內，出現急性腹痛、腹瀉、畏寒發熱、血容量不足、血白細胞升高等表現時，應考慮到消毒劑相關的急性化學性結腸炎的可能，必要時須讓患者留院觀察，嚴格監測生命體徵變化。症狀嚴重者須採取積極的治療措施尤其是補充血容量，防治休克、解痙、抗炎等對症處理，必要時給予患者激素治療，如出現凝固性壞死、持續性出血、穿孔及狹窄的患者則可能需要內鏡及手術治療。
六、息肉切除術後電凝綜合徵
息肉電凝切除術後綜合徵（PPCS）是指內鏡治療過程中高頻電凝造成的透壁性損傷引起漿膜層炎症反應。國外最新文獻報道其發生率為0.7%，更早的報道中其發生率分別為0.5％－1.2％和0.5％。息肉切除術後併發症的產生，可能與息肉的大小、型別、數目、部位、電凝時間及強度有關。常表現為術後出現的發熱、腹痛、白細胞升高等表現，查體常見侷限性壓痛及反跳痛，多發生於術後24h內。該併發症預後較好，多數經抗感染、禁食、補液及營養支援等內科保守治療後可緩解。該病與腸穿孔及腹膜炎不易鑑別，臨床上腸穿孔證據應考慮該病，但經治療後不緩解，應重新評價，以免漏診穿孔。
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