由於子宮肌瘤與雌激素有關，因此治療肌瘤的藥物多數與降低雌激素水平或拮抗雌激素有關。常用藥物有：一、促性腺激素釋放激素激動劑(GnRHa) GnRHa能導致大多數患者的閉經，並且三個月的治療可使患者的肌瘤體積減少約35-65％，但停藥數個月內，肌瘤的大小會逐漸恢復到治療前的大小。因此作用是暫時的，主要用於大肌瘤行腹腔鏡手術或宮腔鏡手術困難縮小肌瘤後手術可降低手術難度。
芳香化酶抑制劑在使用1天后可以減少組織卵巢和外周雌激素的產生，降低雌激素的水平。基於它們的作用機制，這些藥物見效較快，但是副作用要遠少於GnRH類似物。若干小樣本研究與個案報道觀察到芳香化酶抑制劑可以減少子宮肌瘤的大小與症狀。
米非司酮
米非司酮抗孕激素活效能對子宮肌瘤中高於正常水平的孕激素受體起作用。若干個研究顯示高劑量米非司酮可以減少肌瘤的體積大約26-74％。其效果可以和使用促性腺激素類似物相比，並且在停米非司酮後肌瘤的複發率較低。在使用米非司酮後閉經率可達90％，在盆腔壓迫改善的同時，骨密度保持穩定。米非司酮的副作用有子宮內膜增生、子宮內膜癌和一過性的轉氨酶水平升高。
總結起來，子宮肌瘤目前缺乏一個簡單、價廉、安全有效的長期藥物治療方案，這就是說，有症狀的子宮肌瘤主要還是手術治療。
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