現代醫學對十二指腸潰瘍的研究已經非常透徹，設計和發明出很多治療藥物。但真正革命性的治療變化是發現了幽門螺桿菌是十二指腸潰瘍的發病原因，因此抗幽門螺桿菌治療是治癒十二指腸潰瘍的首要方法。
由於還沒有單獨哪一種藥物可以根除幽門螺桿菌，所以專家研究的結果是採用多種藥物聯合來治療，一種是抑制胃酸分泌提高幽門螺桿菌對藥物敏感性的拉唑類（奧美拉唑，蘭索拉唑，雷貝拉唑，等），配伍具有抗幽門螺桿菌並可以保護黏膜的含鉍製劑（枸櫞酸鉍鉀或膠體鉍）。另外配伍兩種抗生素（阿莫西林，甲硝唑，克拉黴素，氟喹諾酮，四環素，呋喃唑酮中的兩種）。
原則雖然簡單，但患者的具體情況不同，比如以往是否治療過，用過哪些藥物，是否有過敏或其他基礎疾病等，藥物的選擇和配伍是靈活掌握的。原則是力求最大可能的根除效果，避免隨後出現的耐藥，因我國的抗生素應用比較普遍，耐藥情況也比較普遍，因此抗菌治療應慎重評估後進行。不建議患者自行選擇藥物服用。
即使抗幽門螺桿菌治療後已經根除了細菌，十二指腸潰瘍患者也有可能在一段時間內仍然有腹痛，腹脹，反酸等症狀。應採用對症治療的原則，用些拉唑類，H2受體拮抗劑（法莫替丁，雷尼替丁等）；黏膜保護劑（鋁碳酸鎂，吉法酯，替普瑞酮，等）對症治療。
所以，十二指腸潰瘍的藥物治療，需要根據患者情況制定個性化方案，並長期堅持，如此才能取得最好療效。
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