一般都認為當甲狀腺結節腫大被膜內甲狀腺組織變性、壞死、溶解，出血或血液成分的漏出液所置換會形成囊腫。且甲狀腺腺瘤變性壞死也會形成囊腫，在一部分甲狀腺癌，或橋本甲狀腺腫中也會發現囊性變。
一般情況下，甲狀腺囊腫會有三種轉歸途徑。
1、部分結節在首次囊內出血後囊液會緩慢部分吸收，所以結節較前會有一定的縮小。
2、囊性結節大小不變。以上兩類囊性結節若沒有壓迫症狀並考慮為良性結節的，可暫時不做處理，觀察即可。
3、囊性結節越來越大，逐漸出現壓迫症狀，患者出現呼吸困難、區域性不適等表現，是手術切除的指徵，手術也是治療甲狀腺囊性結節的主要方式。目前也有穿刺治療甲狀腺囊性結節的報道，其長期有效性有待進一步考證。
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