沙眼衣原體是新生兒結膜炎的常見病原菌，對於新生兒結膜炎的病原，沙眼衣原體居於首位，佔10%-74%，遠遠高於淋球菌，且還可以導致沙眼的發生。
沙眼衣原體是一種革蘭陰性細菌，缺少合成高能物質（如ATP）的酶系統，為專性上皮細胞內寄生的原核細胞型微生物。沙眼衣原體是衣原體屬中與人類最密切的病原體，易侵犯泌尿道及生殖道上皮。沙眼衣原體分為15個亞型，亞型D～K可引起生殖道和眼部感染；D-K、Da、Ia等10個血清型引起新生兒結膜炎。沙眼衣原體廣泛存在於空氣、面板及患者的分泌物中，其通過多種不同的途徑傳播。尤其是患沙眼者常有眼紅和黏性分泌物，有時還有流涕，而分泌物中含有的沙眼病原微生物很容易傳播至手指、衣物、毛巾、洗臉用具或其他所接觸物品，當人們緊密接觸時，沙眼衣原體易通過互動接觸而傳播。所以可造成重複感染，從而增加沙眼炎症的嚴重程度。
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