巧克力囊腫是比較特殊的一種囊腫，會在卵巢內形成如同巧克力一般形態的囊腫，其發生率在眾多的子宮內膜異位中大概佔據了17%-44%的比例，如果不接受手術，會造成不容易懷孕。
首先，有1/3的不孕患者，大部分都是因為子宮內膜異位而導致的，而在患有了巧克力囊腫之後確實也不容易正常的懷孕，哪怕是在懷孕之後也會出現流產的風險，因為這種疾病會導致卵巢內的血管分佈受到損害，也會降低卵巢對於性腺激素的反應導致卵子質量快速的下降，干擾卵子的受精著床。
其次，巧克力囊腫雖然說已經成為了一種不孕的因素，但是依然還是有人會懷孕，只是機率比較低，為保護女性的生育健康，目前的醫學並不建議生育前接受手術治療，建議採取藥物保守治療。
巧克力囊腫可影響生育，但在生育之前一般並不建議手術治療巧克力囊腫，但是如若患者的巧克力囊腫已經超越了常規的標準，就必須要嚴密的定型檢測，以免造成不孕症，患者必須要及時接受治療。
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