部分子宮內膜息肉有癌變的可能，可引起子宮內膜癌。
無症狀的、直徑＜1cm的子宮內膜息肉癌變率很低，但是息肉體積大、高血壓等是癌變的高危因素。並且隨著年齡增長，癌變率會越來越高。育齡期婦女癌變率為0.5%-1%，而為圍絕經期及絕經後婦女可高達10%-15%。女性激素包括雌激素和孕激素，雌激素可導致子宮內膜增生，而孕激素可以使子宮內膜從增生期轉為分泌期，抑制其增生。當孕激素缺乏時，因缺乏孕激素的拮抗作用，子宮內膜在長期單一雌激素的作用下會導致子宮內膜形成息肉。有研究表明，部分子宮內膜癌起源於子宮內膜息肉，隨著年齡增長，女性激素水平下降，子宮內膜息肉由於孕激素的缺乏，也無法拮抗子宮內膜增生，長期子宮內膜增生易發生癌變。
高齡、肥胖、晚絕經、糖尿病、高血壓、他莫昔芬治療等因素，既是子宮內膜息肉發生的高危因素，也是引起子宮內膜癌的高危因素，因此存在上述高危因素的患者，需積極治療原發病，並定期做檢查。
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