牙齒矯正的危害主要是可能會導致復發，牙齒表面的損傷和牙根的損害，有一些患者可能需要永久的戴上牙套。
長期穩定性是傳統正畸的常見問題除非患者選擇了更換牙齒。不然治療之後通常都會導致復發。復發的頻率還是非常高的。
牙齒表面有牙釉質組成，是一種堅硬的礦物質塗層，可以保護牙齒免受腐爛。當使用支架的時候，這些支架就會唾液產生化學反應，這時候就會腐蝕牙齒上面的牙釉質。由於支架被固定在牙齒上，所以很難清潔，如果牙齒沒有得到適當的清潔，就會導致牙齦疾病，牙齒腐爛和脫鈣的問題。
在一些正畸治療中有的患者的牙根可能會受到損傷，隨著時間的流逝一些牙根就會因此溶解，但是這種情況往往發生在固定器具的治療中。可拆卸的器具幾乎不會造成牙根損傷。
有一些人的牙齒通過常規的治療並不能解決牙齒彎曲的問題，所以需要永久的牙齒矯正這種治療的佩戴可能會終身的情況。
矯正牙齒的危害主要是以上的幾種，患者可以根據自身的情況進行選擇。
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