腹膜透析相關性腹膜炎是急性感染，一經診斷需要立即到腹透中心進行治療，耽誤治療時間或不合理的用藥均可能導致患者腹膜透析治療技術失敗。患者應當在有腹部症狀的時候保留第一袋出現渾濁的腹透液，並帶到醫院進行細菌培養利於診斷。腹膜透析相關性腹膜炎的治療用藥主要是抗生素和肝素鈉。
抗生素的應用：通常腹透醫師會依據每個腹透中心的常見致病菌經驗性選用抗生素進行治療（通常為一代頭孢黴素與三代頭孢黴素聯用），獲得病原菌培養結果後依據細菌對藥物的敏感性再調整治療藥物。腹膜透析相關性腹膜炎的抗生素治療時間通常為2周，如果患者是金葡菌、銅綠假單胞菌或腸球菌感染治療時間為3周。抗生素的給藥方法通常是腹腔內給藥，如果合併有嚴重的全身症狀也可進行靜脈給藥。
肝素鈉的應用：腹膜炎時因為腹腔內有大量纖維及蛋白質滲出，可以形成凝塊堵塞腹膜透析導管的小孔，故腹透中心的醫師在治療時會給患者的腹透液中加入肝素鈉避免發生導管堵塞。此外，腹透液中加入肝素鈉也可以使細菌粘附到腹透導管的管壁上的機會減少，降低腹膜炎的復發。
腹腔沖洗的作用：發生腹膜炎後患者可能會有劇烈腹痛，使用1-3袋1.5％的腹膜透析液沖洗腹腔可起到減輕腹痛，清潔腹腔的作用。
拔出腹透導管：
如果使用敏感抗生素治療5天腹膜炎症狀體徵及腹透液檢驗指標無改善，考慮為難治性腹膜炎或複發性腹膜炎，或者腹膜炎的致病菌為真菌或結核桿菌，為了保護腹膜功能，避免腹膜炎遷延不愈應拔出腹膜透析導管停止腹透，臨時行血液透析過渡，待腹膜炎治癒後再置入腹膜透析導管進行腹透。
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