臨床上對於寶寶消化不良的治療方法很多，主要推薦寶媽可以嘗試做小兒推拿、口服藥物和更改飲食等三個方法糾正症狀。
小兒推拿是最近在臨床上興起的一種療法，無需吃藥和打針，通過按摩身上的穴位就可以起到治療疾病的作用。小兒推拿可以治療的疾病多種多樣，包括了消化系統疾病和呼吸系統疾以及斜頸等外科疾病，尤其是消化系統疾病如消化不良、食積、食慾不振、腹痛、小兒便祕都是可以治療的。建議寶媽可以帶著寶寶到醫院進一步就診，採取小兒推拿的方法進行治療，一般三天左右症狀就可以很好的緩解。
除了上述療法，可以採取藥物治療的方法，如口服雙歧桿菌和媽咪愛等藥物，這些藥物可以治療因為腸道菌群失調引起的消化不良和腹瀉腹痛等疾病，效果很好。也可以服用一些中成藥比如化積口服液等消食化積。
除此之外，對於寶寶的飲食也要特別注意，如果是奶粉餵養的寶寶要定時定量，避免吃得太多，如果是已經新增輔食的寶寶也要注意避免攝入太多輔食，孩子的胃腸消化能力比較弱，一定要注意少食多餐。
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