生殖器皰疹是一類較為頑固的疾病，復發機率大，主要與患者免疫力不足及後期反覆感染有關，目前有很多治療辦法，比如西藥治療和中醫療法等。但由於生殖器皰疹的病毒具有一定的潛伏性，多數治療無法完全清除掉體內的病毒，過一段時間後可能會再次復發。因此難以徹底根除，患者治療後應積極做好防復發工作。
目前的治療多以口服阿昔洛韋藥物為主，加之以患處的清潔，可使用抗生素藥膏治理區域性的感染問題。由於阿昔洛韋等藥物屬於抗生素，在用藥劑量和用藥時間長都需注意，不可長期或大劑量服用，以免身體產生抗藥性，無法控制皰疹病毒，同時，此類抗病毒藥物是通過腎臟代謝有一定的腎毒性，腎功能差的患者應慎用。具體用法要詢問醫生。
因西藥抗生素等無法從根本上阻斷體內的病毒複製，現在也有采用中藥來遏制病毒發展的治療辦法，比如穿山甲、赤芍和生地等都有一定效用。中醫藥治療是一個整體辨證論治的過程，不但有直接滅殺病毒的效果，還可提高調動患者的免疫力，對抗病毒，即所謂的“正氣存內，邪不可幹”。最要緊的是應重視平時性生活的清潔和衛生，以避免多次感染，反覆發作。
生殖器皰疹目前來說並沒有很好的根治辦法，但通過藥物或中醫治療能取得較好效果，若能做好日常預防，不熬夜，忌食辛辣不當食物，鍛鍊身體也可防止復發。
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