肉毒素本身是一種能夠溶解皮下組織脂肪的藥物，通過注射器的方式注射進腋下，可在一定程度上破壞腋下的皮下組織，從而破壞大汗腺，防止其持續分泌帶有氣味的液體。
一般情況下，肉毒素去狐臭是沒有副作用的。若醫療人員操作不當，刺破腋下血管，可導致血腫現象。這種情況應立即冰袋按壓以緩解症狀。若注射過深傷及腋下肌肉層，會導致抬臂異樣感，大多可在2-4周內自行緩解，症狀較重時需要及時就醫治療。選擇專業正規的醫療美容機構，可以有效避免副作用。
此外，肉毒素注射去狐臭的效果顯著，但不是永久性的，通常效果可保持在6個月左右，再次注射時間間隔6個月為宜。但這種情況容易造成狐臭反覆發作，一般不作為一線治療手段。最理想的治療手段就是選擇使用開放性手術或者微創手術的方式，把腋下汗腺破壞。
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