甲狀腺囊腫一般不會自愈，早期可能無明顯症狀，但也建議及時就診檢查，明確性質，以免後續不良情況的發生。
甲狀腺囊腫一般分為生理性和病理性兩種。如果囊腫的直徑小於5釐米，經檢查又沒有證據提示有腫瘤病變，考慮為生理性的囊腫，密切隨訪即可，2-3個月檢查一次，可能再次檢查時發現囊腫縮小或者未發現其增大；如果囊腫持續性的增大，直徑已經超過5釐米，或者患者年齡較大，考慮為病理性甲狀腺囊腫，應及時進一步檢查，明確病變原因，排除惡變可能。
此外，臨床發現甲狀腺囊腫時無需緊張，定期複查，注意飲食清淡，戒除煙、酒、咖啡等刺激性食物，增強機體免疫力。
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