三歲孩子總眨眼睛能否自愈，需要根據產生原因判斷，不能一概而論。
三歲孩子總眨眼睛，常出現的原因有結膜炎、角膜炎等眼部疾病，以及抽動症，也就是多動症，或者為眼睛疲勞、倒睫導致的。如果是結膜炎等眼部疾病引起，常伴有眼睛明顯異物感、眼紅、流淚、發癢等症狀，不能自愈，需要用抗菌滴眼液等治療。如果是倒睫引起的，睫毛向內生長，從而出現異物感、流淚等症狀，也不能自愈，需要進行拔除、鐳射等治療。如果是抽動症引起，常伴有擠眉弄眼、聳肩、伸舌等症狀，不能自愈，要通過藥物或心理治療。如果是由於長時間玩手機等導致用眼疲勞引起，通常在改掉不良用眼習慣後就能自愈。
因此，要根據不同症狀選擇眼科或兒童保健門診進行診斷與治療。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。