蒙脫石散適用於腹瀉患者，急性腹瀉患者服用1天后、慢性腹瀉患者服用2-3天后，若症狀未得到改善，則需諮詢醫師來明確是否可以繼續使用本藥，不可自行盲目連續用藥。
蒙脫石散是一種保護消化道黏膜的吸附類止瀉藥，通常不建議長期服用，可能會引起大便乾結、便祕，且會對胃腸道產生一定的依賴性，易引起腸道菌群失調。針對兒童而言，長期服用蒙脫石散，會因其難以排除體外，而長時間覆蓋在腸道表面，從而造成腸道無法有效吸收其他營養物質，從而出現營養不良等情況。
此外，建議在兩餐之間服用蒙脫石散，此時胃腸道相對較空，能與胃腸黏膜有效接觸，以減少食物中的成分對藥物吸收的影響。
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