水銀溫度計可以測量不同部位的溫度，在測量不同部位時，所需要的時間不同。
最常用的是測腋溫，正確的測量方法是要先擦乾腋窩，將體溫計頭端置於腋窩深處，上臂夾緊體溫計，10分鐘後取出讀數。如果進行口腔溫度測量，需將消毒後的體溫計頭端置於患者舌下，讓其緊閉口脣，5分鐘後取出讀數，該方法不能用於嬰幼兒及神志不清者。測量肛門溫度時，讓患者取側臥位，肛門體溫計頭端塗抹適量潤滑劑後，徐徐插入肛門內，達體溫計長度的一半為止，5分鐘後取出讀數。
不同部位的溫度正常值也不同，腋溫正常值為36.0℃-37.0℃，口溫正常值為36.3℃-37.2℃，肛溫正常值為36.5℃-37.7℃。
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