藥物流產殘留物需在14天以後清除，因為藥物流產後如果胎囊順利排出，在術後2周複查超聲，此時發現宮腔殘留才考慮清宮手術，多數患者不需要清宮，因為藥物流產屬於一種不全流產，真正排乾淨需要觀察2個月經週期。
多數藥物流產皆可在服藥的第3天排出妊娠產物，若等待排出妊娠產物得期間，陰道流血大於100ml，需急診給予清宮手術。若已排出完整的妊娠產物，陰道流血較少，可離院回家給予觀察。建議藥物流產14天后到醫院婦科門診複查B超，若通過B超檢查發現宮內有較大的殘留組織物，需給予清宮手術。若殘留物較小，可口服黃體酮或益母草、生化湯等中藥，使殘留物隨月經血排出陰道，亦無需進行清宮手術。如果殘留物較多、伴有陰道出血多，則儘快安排手術，以免出現子宮收縮不佳引起大出血，或殘留物粘連，增加清宮的難度及危險。
此外，清宮手術後，應臥床休息3天，忌食辛辣油膩等刺激性的食物，勤換內衣，以免發生感染。
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