巧克力囊腫的最佳治療時間是發現即治療，越早越好。
巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種，其發病機制是子宮內膜組織生長到子宮腔以外的部位，當異位的子宮內膜病灶生長在卵巢上，隨著月經次數的增多，就會形成囊性腫物，且隨著月經逐漸增大。患有巧克力囊腫的女性，會出現進行性加重的痛經，月經量增多，腰腹部不適，性交痛，繼發不孕等症狀，患者也多是因這些症狀來就診的。由於巧克力囊腫是一個不斷進展的疾病，所以一旦診斷為巧克力囊腫，就應該及時給予治療，以免導致病情逐漸加重，甚至囊腫破裂等情況。
治療巧克力囊腫也要根據患者的年齡，症狀，是否生育來選擇治療方式。一般年輕患者，或症狀輕微患者，可選擇使用促性腺激素釋放激素激動劑類藥物連用6個月。如年老患者或已生育患者，保守治療無效的患者，則建議手術治療。
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