目前臨床治療肛周尖銳溼疣方法很多，多采用區域性療法與全身療法相結合。主要是以外治為主，內治為輔。
1、藥物治療。包括免疫製劑，抗病毒製劑，中藥製劑等多種藥物，只能輔助治療。
2、冷凍治療。液氮或二氧化碳乾冰冷凍，使疣組織(即面板損害區域性)壞死。冷凍治療的最大好處是區域性去除疣體快，治癒率約70％左右，但複發率較高。治療過程中會有區域性紅腫，疼痛及水皰潰瘍反應。目前很少採用。
3、鐳射治療。對錶淺的溼疣合適;它的特點是見效快，在治療的當時，疣體即可脫。常用的是二氧化碳鐳射，燒灼疣體，一般1次即可使疣體脫落。但是，由於鐳射的光束過於集中的原故，鐳射治療只適用於疣體不太大的尖銳溼疣，如疣體較大，則不適合。鐳射治療見效快，但複發率也高。
4、電燒治療。電燒灼是較老的一種治療方法。過去醫師常用高頻電刀燒灼尖銳溼疣和其他面板贅生物。它的特點是操作簡單，見效快，但損傷大，燒灼創面恢復慢，遺留疤痕，有效率94％。
5、手術治療。對帶蒂的較大、孤立的疣體可考慮手術切除。尖銳溼疣一般不主張手術切除，因為手術治療後，尖銳溼疣很容易復發，使治療失敗。但對帶蒂的、較大的疣體或疑有惡變者，可考慮手術切除。有的患者尖銳溼疣生長過於迅速，或大如菜花，其他治療十分困難，可考慮手術治療。為防止復發，術後應該配合其他治療。
6、光動力療法
療效確切，清除率高，複發率低，安全無創，不需麻醉，無痛苦，不留疤痕。最大的優勢是可以清除HPV亞臨床感染和潛伏感染病灶，顯著降低複發率。尤其適用於尿道內，宮頸內，肛門周圍等特殊解剖部位的治療，特別適合治療反覆復發的尖銳溼疣以及用其他療法治療無效的患者。或者配合其他治療方法進行綜合治療。
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