1、前列腺的腺泡分泌液排洩不暢
前列腺是一個腺性器官，具有分泌功能，前列腺液不斷產生而要求定期排洩。前列腺的排泌腺管由於走行彎曲、路徑較長且開口口徑較小，前列腺外周區腺管可以呈直角或甚至斜行進入到後尿道，使得排泌前列腺液比較困難，容易受到許多的因素影響而出現排泌不暢，造成前列腺液的瀦留並容易誘發感染。
2、前列腺的組織結構改變
慢性前列腺炎的久治不愈可以導致腺體內的血管閉塞、腺體實質的纖維化與瘢痕形成、腺體萎縮變硬，使得藥物治療很難在前列腺內達到有效的濃度，病原體可以在區域性大量繁殖與播散，進一步加重了局部的炎症反應、腺管閉塞範圍和纖維化程度的病理改變。
3、前列腺炎的病因複雜多樣
絕大多數慢性前列腺炎並非細菌感染所致，因此用抗生素治療效果並不明顯，即使是慢性細菌性前列腺炎，單純應用抗生素往往也難以獲得滿意的治療效果。這不僅是因為抗生素很難穿透前列腺的脂質包膜，還在於前列腺炎的病因複雜。
4、不良生活習慣的持續存在
許多前列腺炎患者的發病就是因為在生活中存在許多不良的習慣，例如生活中不講究衛生、經常有不潔性生活史或淫亂行為、頻繁性交或手淫、酗酒或大量食用刺激性食物、長距離騎車或久坐、區域性不注意保暖等多種因素本身就是造成患者前列腺長期充血、誘發慢性前列腺炎，並最終使其久治不愈的重要原因。而且這些患者在患病後以及疾病治療期間，這些不良生活習慣可能仍然存在。
5、消極的應對方式
應對方式在慢性前列腺炎患者的預後中也具有重要的影響作用。以消極應對為主患者的身心狀況明顯重於以積極應對為主患者，且以消極應對為主患者在性格上更傾向於內向、神經質性和不穩定性。應對方式不健康也是招致患者治療失敗的原因之一，可以明顯影響患者的身心健康及預後。
6、醫患關係複雜
目前社會辦醫較多，不乏魚龍混雜，醫療廣告氾濫，遊醫也大量存在，有意無意的誤診誤治難免存在。此外，大量貴重抗生素的泛用也具有一定的毒副作用，可能使患者的病情進一步加重。
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