正畸治療中，牙齒的移動不可避免地會涉及到牙齒和其周圍組織的改建。 正常情況下，這些改變，都不會產生不良後果。但正畸醫生也應該提醒患者注意配合，以免影響口腔健康，帶來副作用。
於牙頸部周圍的組織。其形態可隨牙齒的移動而改建。治療中，如果不注意口腔衛生，就會發炎，如不及時控制，就會造成牙槽骨吸收，牙齦增生，影響治療效果。炎症比較嚴重的患者，只能暫時停止移動牙齒，待炎症消除後，再做矯正。
對牙根的影響：牙齒矯正時，牙根表面也發生吸收、增生等種種重建活動。治療中，雖然牙根有輕微吸收，治療完成後，牙根會憑著自身修復能力恢復正常，但如果治療中加力過大，會增加牙根吸收的危險性。
牙齒變鬆動：正常治療中，由於牙齒周圍的牙槽骨和牙周膜進行改建，牙齒會有一定程度的鬆動，這是正常現象。當牙齒矯正到正常位置停止移動後，身體能夠通 過自身的修復能力使牙齒穩固，牙齒不會永遠鬆動下去。治療中，如果發現牙齒鬆動度太大，應暫停加力，讓其恢復一段時間後再繼續加力。
總之，正畸治療中，應儘可能將牙齒的移動控制在正常生理範圍內，雖然這樣的結果就是牙齒矯正的療程較長，但能夠保障口腔組織的健康。
同時，最好由正畸專科醫 師治療，醫師的診斷、設計和臨床操作水平直接關係到治療效果的好壞。另外，治療中患者的配合與口腔衛生也會對療效產生一定的影響
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