肺栓塞栓子主要是血栓。血栓形成有三個因素，即血流淤滯、高凝狀態及血管內皮損傷。在老年人、長期臥床、外科手術、妊娠、心臟病心衰等具有血流淤滯，利於血液凝固，形成血栓。高凝狀態存在於外科手術後、妊娠、惡性腫瘤、口服避孕藥等狀況可有促凝物質進入血液，血小板增多，凝血因子增多。
抗凝血酶III減少或纖維蛋白溶解活力減弱等。血管內皮損傷亦為重要因素，內皮細胞釋放前列環素有抗血小板聚集作用還釋放組織型纖溶酶原啟用物，促進纖溶一旦內皮損傷，促進血液凝固，形成血栓。肺栓塞的栓子多來源於下肢，多為深靜脈血栓，據報道下肢血栓79.1％，盆腔靜脈為11.5％，右心8.2％，下腔靜脈5.3％,其他0.4％.肺栓塞後發生肺梗塞不多10％--30％。
主要因為肺含有氧氣,雙重血液供應,既有肺動脈供血又有支氣管動脈供血,肺動脈栓塞後仍有支氣管動脈供血,它們之間有吻合支,栓塞後吻合支擴大,從而減少肺梗塞發生,但原有心肺疾患較易發生.肺栓塞病因研究中，30歲以下的年輕患者中,基礎病是結締組織病和下肢靜脈病變,還有近1/3無明顯誘因;在60歲以上老年組中,肺栓塞最多見原因是心血管病,其次惡性腫瘤、下肢靜脈病變;40--60歲的患者中，除下肢靜脈病變、手術、惡性腫瘤等因素外骨折、糖尿病、腎病及乘飛機也是常見危險因素。
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