經皮腎鏡手術雖然是微創手術，但也存在著許多風險，我們應該有足夠的認識。
一、術中出血
術中出血是最多見也是非常危險的併發症。腎臟是血迴圈豐富的器官，質地脆弱。腎臟的血管是分割槽段的，腎動脈分為前後二組，中間有一個無血管區稱Brodel線，前組為尖、上、中、下，如圖：
手術出血的預防和治療方法：
(1)做好術前準備工作：充分備血，對有貧血和出凝血功能異常的病人做為手術的禁忌。
(2)儘量減少穿刺次數，儘量選擇穿刺部位在腎的背側。
(3)儘量減少手術時間：必要時候可以分次手術分次取石。
(4)術後臨時夾閉腎造瘻管2h：對靜脈性出血可達到止血目的。
(5)術中儘量不要大幅度地擺動鏡體，這樣會撕裂腎實質引起出血。
(6)術中隨時注意病人生命體徵和出血量：必要時應及時終止手術，二期手術碎石取石。
術中應根據病人生命體徵和出血情況，決定是否終止手術。通常，如果是靜脈性出血或腎實質裂傷，終止手術後夾閉腎造瘻管，出血可以自止;如果是動脈性出血或大血管出血，則應果斷行介入超選擇性腎血管栓塞術。
二、腎盂裂傷
在建立手術取石通道的穿刺過程中和碎石過程中均可能發生腎盂裂傷。只要保證術後腎造瘻管引流通暢，腎盂損傷可以自行癒合。
三、損傷周圍組織器官
經皮腎鏡手術過程中，無論是穿刺過程或是取石過程中，都有可能損傷周圍的器官，如損傷胸膜、腹膜、腸管等。因此在腎穿刺建立操作通道過程中，不但要注意穿刺方向，更要牢記穿刺深度的掌控，寧淺勿深，操作中要對隨時出現有情況做出準確的判斷。如圖所見，腎周圍器官：
左側腎外上方是脾，外下方是降結腸，前內方是胃，腎蒂前方是胰尾。右側腎外方是肝，內前方是十二指腸降部，外前下方是升結腸，而在雙側腎的後方，器官較少，腎上極有膈緊附其上。所有這些器官都有損傷的危險。
四、結石殘留
尤其是對於鑄型結石、多髮結石，結石殘留機率較高。可以採取術後體外震波碎石治療，多可清除殘餘結石。武漢協和醫院是從國外進口的先進多尼爾碎石機，能量強大，碎石效率高。
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