由於某些醫生只注意尖銳溼疣所表現的生殖器部位的面板損害，而忽視了其他疾病同樣可導致相同的症狀，結果盲目輕率地將本來不是尖銳溼疣的誤診為尖銳溼疣，或一些不正規的醫療部門或遊醫為了經濟利益而故意把一般的面板病診斷尖銳溼疣，給患者造成不必要的痛苦和精神壓力，也可能影響夫妻間的感情及家庭的正常生活，同時造成經濟上的重大損失。尖銳溼疣需與以下幾種相關病症的鑑別：
1、假性溼疣
主要發生於女性小陰脣，特別是小陰脣內側和陰道前庭，呈對稱密集分佈的、直徑1-2mm的淡紅色或白色丘疹，表面光滑，呈絨毛狀或魚子狀外觀，有時可呈息肉狀小丘疹，可長期存在，一般無明顯自覺症狀，醋酸白試驗陰性，HPV DNA檢測或病理檢查有助於鑑別。其出現可能由於生理變異或陰道白色念珠菌致使白帶增多刺激所致。
2、陰莖珍珠樣丘疹
陰莖冠狀溝沿龜頭邊緣排列的、直徑1-3mm的白色、膚色或淡紅色珍珠樣丘疹，表面光滑，互不融合，一排或數行排列，長時間變化不大，無自覺症狀，無不潔性交史，醋酸白試驗不呈白色。可持續數十年無變化。
3、皮脂腺異位症
發生於陰莖龜頭、陰脣粘膜、口腔，為黃色針尖和粟粒大小丘疹，無明顯高出面板表面的面板記憶體積 ,無任何不適感。可持續數多年無變化。
4、鮑溫樣丘疹病
損害位於男性的龜頭、陰莖幹，女性的肛周和陰脣等部位，為多發性小的紅褐色丘疹，直徑2-10mm，可融合成斑塊，多見於40歲以下性活躍的人群。梅毒血清試驗及梅毒螺旋體檢查均陰性，病理檢查有助於鑑別。主要為人類乳頭瘤病毒高危型16、18(HPV16、18)感染所致。
5、血管角化瘤
多見於中年男性的陰囊，為紫紅色針頭至黃豆大丘疹，表面輕度角化，醋酸白試驗陰性。
6、扁平溼疣
為二期梅毒疹，常發生於肛周及外陰，表現為肥厚性斑塊，表面扁平而糜爛，可有密集顆粒呈乳頭狀、菜花狀，基底寬闊。多有下疳史及其它梅毒疹損害，暗視野檢查可查到梅毒螺旋體，梅毒血清學反應呈陽性。
7、傳染性軟疣
由軟疣病毒感染所致 ,好發外陰及肛門周圍,軀幹、四肢的面板可同時發病 ,損害可單發或多發散在分佈,呈粟粒狀乳白色丘疹 ,圓形表面光滑,隨時間延長中央呈臍凹狀,可擠出軟疣皰水體,醋酸白試驗陰性。
8、毛囊炎
主要為細菌感染所致，在毛髮多處出現,如男性陰阜、陰囊、女性陰阜、大陰脣外側及會陰部及肛門周圍,為毛囊性炎性丘疹，自覺微癢和微痛，數天後自行消退而愈，不留瘢痕。有時為丘疹頂端有膿點，周圍紅腫,基底部可觸及硬節,此時疼痛明顯，可單一存在或多個同時發生。
9、丘疹性梅毒疹
丘疹為圓形，稍隆起，紅色至深紅色，直徑2-5mm或更大，觸之有浸潤，多無自覺症狀。環狀梅毒疹常見於陰部特別是陰莖幹及陰囊，皮疹呈環狀、弓形或迴旋狀，表面有鱗屑邊緣輕度高起，由微小扁平丘疹構成，梅毒血清反應陽性。
10、脂溢性角化病
本病多見中老年人，主要表現為外陰部的卵圓形或不規則斑片狀微隆起或呈乳頭瘤狀凸起物,表面覆蓋油性淡白色痂或乾燥粗糙,與正常組織界線清楚,無自覺症狀。
11、疣狀黃瘤
好發於口腔、女陰、陰莖、陰囊，為淡黃色疣狀損害。
12、生殖器鱗狀細胞癌
多見於40歲以上的人，常在原有慢性面板病變的基礎上出現。損害浸潤明顯，質堅硬，常形成潰瘍。無不潔性交史，組織病理檢查可鑑別。
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