腫瘤標誌物升高不能斷定就一定是腫瘤，許多因素都可能引起腫瘤標誌物升高，包括一些良性疾病如慢性肝病、慢性腎病、膽石症、糖尿病以及有些藥物等，甚至抽血、標本儲存不當等因素也可能引起一些腫瘤標誌物升高。
生物學因素對腫瘤標誌物的影響：隨年齡的增長PSA升高;老年人CA199、CA153、CEA等可升高。部分婦女在月經期CA125和CA199可升高。在妊娠期甲胎蛋白(AFP)和CA125等明顯升高。某些長期抽菸者中可見CEA升高。
因此，患有其他疾病甚至正常人也都可能出現腫瘤標誌物升高的情況，也許過一段時間再複查又正常了。如果發現腫瘤標誌物升高不要過於緊張，要到醫院找專科醫生進行諮詢，排除一些影響檢測結果因素後，決定是否隔2~4周再檢測或在醫生的指導下做進一步的檢查，找出腫瘤標誌物升高的原因。
體檢時受檢者腫瘤標誌物高不一定有腫瘤，其意義在於提示。腫瘤標誌物檢測只能是一種輔助手段，還需依靠現代醫學影像(內窺鏡)學、細胞病理學和檢驗醫學及臨床醫師等的互相配合。
腫瘤標誌物輕度升高(超過正常參考值不是太多)，發生腫瘤的可能性比較低，可考慮進一步檢查，或動態觀察。中重度升高或多項指標持續升高，腫瘤發生的可能性較高，儘快做醫學影像學和細胞病理學的檢查。
同樣，腫瘤標誌物陰性也不能完全排除相關腫瘤。例如在肝癌病人中，肝癌標誌物甲胎蛋白(AFP)的陽性率僅達79％~90％，也就是說還有10％～30％的原發性肝癌患者AFP是正常或只有輕度升高。受檢者也要注意。
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