結石形成的原因比較複雜，大致可分為個體因素和環境因素。
(一)個體因素
1、代謝異常 尿路結石大多是人體代謝產物構成，不同成分的結石可以反映體內相應成分的代謝異常。尿液內常見的成石成分有鈣・草酸・尿酸和胱氨酸等，任何生理紊亂引起這些物質在尿液中濃度過高時都可能形成結石。形成的結石有
(1)草酸鈣結石：主要和高鈣尿症，高草酸尿症，高尿酸尿症，低枸櫞酸尿症有關。
(2)磷酸鈣結石：主要是尿液PH升高尿液偏鹼所致。
(3)尿酸結石：主要是因為尿液PH值降低尿液偏酸所致。常見病因是痛風。
(4)胱氨酸結石：胱氨酸尿症是其唯一的病因。主要是尿液偏酸所致。
2、區域性因素 由泌尿系統區域性因素所致的結石，多屬繼發性結石。
(1)尿路感染：感染容易使尿液PH值升高，容易形成磷酸銨鎂和碳酸磷灰石。這種結石的形成和變形桿菌所分解的一種解脲酶有關。
(2)尿路梗阻：尿路梗阻容易使尿液濃縮，成石物質發生沉積，形成結石。常見的病有：腎盂輸尿管連線處狹窄和前列腺增生症。
(3)尿路異物：異物可以作為核心，吸引成石物質沉積，形成結石。
(二)環境因素
1、氣候 氣溫高，溼度大，人體通過出汗和呼吸丟失的水分增多，尿液濃縮，易形成結石。日照時間長，腸道對鈣的吸收增加，尿鈣增高，易形成結石。
2、飲食
(1)水分：尿量少於每天1000ml，尿中結晶形成的機率明顯增加，尿量小於500ml，結石形成的機率增加。
(2)蛋白質：高蛋白飲食易引起高鈣尿及高尿酸尿。
(3)鈣：攝鈣過量可致高鈣尿。
(4)維生素：缺乏維生素A和B6的人群，患草酸鈣結石性的機率增加。
3、藥物
(1)糖皮質激素，可使骨質脫鈣導致高鈣尿。
(2)維生素：長期服用維生素C和維生素D的人群易患結石。
(3)磺胺類藥物：有些磺胺類藥物，易在酸性尿中形成難溶性乙醯化合物結晶(藥物結晶)或本身直接形成磺胺結石。
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