腸道的清潔度是決定結腸鏡檢查成敗的關鍵因素。如果檢查時腸道仍有許多糞便，就會影響進鏡和觀察，甚至不能完成全結腸檢查，或因糞便掩蓋造成漏診。因此，檢查前腸道清潔準備十分重要。
檢查前服用瀉藥是最常用、最可靠的方法。目前常用的安全性較好的腸道清潔方法有口服聚乙二醇電解質液、硫酸鎂等，同時喝足夠多的水以清潔腸道，腸道清潔以水樣便為標準。對於腸道清潔不滿意者，還可結合大腸水療達到更好的腸道清潔效果，滿足腸鏡檢查的需要。此外，檢查前做些飲食上的準備對清潔腸道也是必要的，檢查前3天，停服鐵製劑，開始進低渣飲食。在做大腸鏡檢查前一天，建議吃一些無顏色、少渣或者流質的食物，如魚、蛋、牛奶、豆製品、粥、麵條、麵包、香蕉、冬瓜、馬鈴薯等。最好將以往結腸鏡檢查報告、X光片、病理報告等帶來供醫生參考。不要帶行動電話進入檢查室，以免影響儀器的正常工作。
做大腸鏡檢查並不像想象中的那麼可怕，無須過分緊張焦慮，一定要放鬆心情。在檢查過程中，可能會出現腹部有脹痛感，因為大腸平時處於閉合狀態且有幾處彎曲部分，醫生在進鏡時會適當注入部分空氣以利於進鏡和觀察，觀察完畢後就把氣抽掉，檢查過程中可能要更換體位以方便檢查，但只要和醫生配合好，保持輕鬆的心態，這也可能是一次愉快的檢查。
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