肛腸疾病是人類特有的常見病、多發病。從廣義說：發生在肛門、大腸上的各種疾病都叫肛腸病，常見病100多種。從狹義說：發生在肛門與直腸上各種疾病。
一、肛周感染性疾病
肛周膿腫、肛瘻是嬰幼兒常見肛周感染性疾病，發病最主要原因是其生理結構的特殊性，因為小兒骶骨彎曲尚未形成，直腸與肛管呈垂直狀態，糞便直接壓迫肛管齒狀線肛竇處，易造成肛竇損傷感染髮炎；急慢性腹瀉，排便次數過多；小兒小兒肛周尿布皮炎，肛周面板不潔，也可導致肛周感染；再者，小兒免疫力低下，也是造成感染的主要原因。
預防措施：③便後清洗肛門，保持肛門清潔，減少對肛門的刺激。
二、小兒肛裂
小兒肛裂的主要原因是由於不良排便習慣或進食不當引起的，便祕或糞便乾硬撕裂肛門而發生肛裂。以恐懼排便，排便時哭鬧，大便帶血為特點。檢查時可以看到裂口，大部分發生在肛口後側，其次是前側。
小兒肛裂的預防措施：①選擇合適的奶粉，多食富含纖維食物，多飲水，防止便祕，保持大便通暢規律；②儘量用柔軟的手紙，動作輕柔，以免擦傷小兒肛門。③便後清洗肛門，保持肛門清潔，減少對肛門的刺激。
三、小兒直腸脫垂
小兒體質虛弱，以及小兒盆腔組織發育不全，骶尾骨不能充分依託和支撐直腸；加上全身營養不良，直腸周圍肌肉薄弱，當腹壓增加時，失去對直腸支援固定作用，以致發生直腸脫出。另外，患者在排便時用力過猛，腹壓增加，蹲廁時間長，加上小兒易哭鬧，腹瀉便祕等因素，可以使直腸粘膜與肌層分離。故久瀉幼兒及久病老人，都容易出現固定直腸的周圍組織鬆弛，造成脫肛。久而久之，脫出物越來越大，肛門鬆弛。
防治措施：①應重視改善全身狀況，糾正營養不良；②中藥補中益氣湯口服，鍼灸，收斂固澀中藥薰洗；③保守治療效果不佳者可才用注射治療。
四、息肉
息肉是造成嬰幼兒大便帶血的主要原因，嬰幼兒息肉最常見的是直腸幼年性息肉，無疼痛，但每次排便都出血，一般無其他臨床症狀，息肉增大後排便時可看到紫色肉塊。幼年性息肉會自行脫落，且也會有癌變的傾向，所以發現後應積極診治。
五、其他先天性疾病
先天性巨腸症，它是胎兒的直腸、結腸、乃至小腸的粘膜下層和肌間缺乏神經節細胞，病腸失去有規律的蠕動，新生兒出生後即出現便祕、腹脹，如不及早診治可發生結腸炎，甚者可腸穿孔而危及生命。
先天性肛門直腸發育畸形俗稱先天性無肛。是胎兒的肛門直腸發育出了問題，未能形成正常的肛門直腸，它分為高、中、低三種位型。該病常伴有控制排便的肛門括約肌缺損，直接影響生活質量。
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