目前，診治男性不育的科室五花八門，例如：性醫學科、男科、泌尿外科、內分泌科等。它們之間儘管有一定的業務重疊，但是彼此還是有顯著不同的。如：
性醫學科：重點在於幫助患者進行性康復，如果你的不生育問題主要是由於性功能障礙(勃起不好、不射精、逆行射精等)所致，選擇性醫學科幫助你克服性功能障礙，則生育問題就可能是水到渠成的事情。
內分泌科：內分泌疾病也可以造成男性不育，例如高泌乳素血癥患者，通過內分泌科的調冶，降低泌乳素水平，可以改善精液質量，生育也就不再是個問題了。
泌尿外科：側重於對生殖器官某些疾病的康復，例如射精管梗阻不育的患者，可能通過經尿道的電切術來恢復精道的通暢性。
男科：實際上，圍繞生育的疾病或異常可能涉及到眾多的科室，而這一切問題都應該首先在男科來檢查和診斷，而上述的絕大多數問題也可以在男科獲得解決。
綜上，男性不育患者的就診最佳選擇是男科。不同醫院的科室設定也略有不同，比如國內比較公認的看男性生殖最好的單位是北京大學第三醫院生殖醫學中心男科專業門診，而住院患者分別在生殖中心和泌尿科病房。在這裡無論門診量、疑難病例比例和男性生殖手術的質量和數量在國內甚至世界範圍都遙遙領先。最近，中華醫學會男科學分會男性生殖顯微外科培訓基地也將落戶於此，為國內培養男性生殖顯微外科人才。
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