正常率小於4％，為畸形精子症。
按照最新標準，通過嚴格的精子形態學染色分析，精子正常形態率小於4％ 為畸形精子症。在正常情況下，精子外形呈蝌蚪狀，包括頭頸部和尾部。與社會上存在殘疾人一樣，人的精子也可以發育異常，在顯微鏡下就表現為怪模怪樣，如頭部太小、尾部捲曲等。
畸形的精子可能存在受精功能缺陷，難以使卵子受精。事實上，正常男性射出精液中的大部分精子都是畸形的，只有少部分精子形態是正常的。如果畸形的精子太多，會明顯減少“有競爭力”正常形態精子的比例，這會影響精子的整體“戰鬥力”，不利於精子成功“俘虜”卵子，從而影響精子的受精能力。精子畸形率太高，就會造成男性生育能力低下，難以使女方懷孕。
生殖腺體感染、不良生活習慣與環境是常見病因
研究表明，生殖腺體感染和炎症(附睪炎、睪丸炎、前列腺炎或精囊炎等)、內分泌紊亂、染色體異常等疾病，還有吸菸、酗酒、熬夜、工作壓力大、高溫工作環境、高輻射環境等不良生活習慣和生活環境，均是畸形精子症的病因。
大部分畸形精子患者可生育
現代醫學已經可以使大部分畸形精子症患者獲得生育了。中西醫結合藥物治療配合生活保健，可以使一部分患者的精子畸形率降低，獲得自然生育。中醫認為，腎虛、溼熱下注或伴有瘀滯是引起畸形精子過多的病理基礎，可以使用中藥或中成藥進行辨證論治。西醫常用抗生素、抗氧化藥物、抗雌激素藥物和微量元素等藥物治療畸形精子症。
然而，一部分畸形精子症患者很難通過上述治療降低精子畸形率和自然生育，需要通過輔助生殖技術獲得生育。輕中度畸形精子症患者可以通過人工授精和第一代試管嬰兒(IVF)獲得生育，重度和極重度畸形精子症患者則需要採用第二代試管嬰兒(ICSI)技術。ICSI 是卵泡漿內單精子顯微注射的簡稱，是藉助顯微作業系統，直接將單個精子注射入卵母細胞漿內使其受精。
畸形精子症的嚴重程度不影響第二代試管嬰兒成功率。只要精子內部質量是好的，有些極重度的畸形精子症(精子畸形率高達100％)，通過第二代試管嬰兒技術也可以獲得較高的生育成功率。
胎兒畸形與精子畸形不是一回事
精子畸形率高會不會造成胎兒畸形呢？會不會很容易流產？
其實，胎兒畸形與精子畸形不是一回事。精子畸形只是形狀不正常，影響受精能力，精子內在質量才是影響胚胎質量和流產的主要因素。單純精子畸形率高不會導致流產率和胎兒畸形率升高，但是部分畸形精子症患者存在精子DNA 碎片率高、染色體異常等疾病，才會造成流產率和胎兒畸形率升高。
胎兒畸形主要發生在女性懷孕的早期(頭三個月內)。如果在此期間，孕婦感染病原體、發熱、服用有危害性的藥物(抗生素、激素、神經類等具有生殖毒性的藥物)、接觸到環境危險因素(酗酒、農藥、射線)等，將會直接危害到胎兒器官的發育，導致胎兒畸形或發育遲滯，並容易流產。由此看來，胎兒畸形與精子畸形沒有必然關聯。
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