在臨床上，奧美拉唑作為消化科的“萬精油”，應用十分普遍。但是在使用的時候一定要注意它的配伍禁忌，在以下這些情況應用時一定要慎重。
1、與肝藥酶代謝有關藥物合同
奧美拉唑具有酶抑制作用，可延緩經肝臟細胞色素P450系統代謝的藥物，比如：雙香豆素、安定、苯妥英鈉、華法林、硝苯定，在體內的代謝消除。當奧美拉唑與上述藥物一起使用時，應酌情減輕後者的用量。研究表明，服用安定期間，口服奧美拉唑可導致患者出現步態紊亂，停用後即可恢復正常。服用奧美拉唑一週後，可使單劑量注射地西泮的清除率降低54%，血藥濃度升高。
2、與氯吡格雷合用
2009年年初，美國食品與藥物管理局（FDA）就氯吡格雷予奧美拉唑等藥物相互作用發出藥物安全性資訊。根據資料顯示，氯吡格雷予奧美拉唑存在藥物相互作用，如果患者服用奧美拉唑聯合氯吡格雷，奧美拉唑可使氯吡格雷的活性代謝產物及一直血小板聚集作用減少近一半。
3、與鐵劑合用
鐵劑主要是在十二指腸及空腸近端已亞鐵離子的形式吸收。胃酸可增加鐵劑的溶解度，促使不被吸收的三價鐵轉化為可被吸收的二價鐵，從而有助於鐵的吸收。
奧美拉唑屬於抑酸劑，可減少胃酸分泌，提高胃內PH值。如果在服用鐵劑的同時服用奧美拉唑，必然會影響鐵劑的吸收，降低療效。
4、與地高辛合用
奧美拉唑能夠抑制胃酸分泌，從而降低胃液的酸度，可能減少地高辛水解，增加其吸收。奧美拉唑使胃液PH值升高可能提高地高辛的生物利用度。
5、與甲氨蝶呤合用
奧美拉唑通過抑制H+-K+-ATP酶的活性來發揮作用，而甲氨蝶呤的腎清楚示通過氫離子依賴性機制進行的。因此考慮甲氨蝶呤與奧美拉唑有相互作用。由於兩藥合用會導致嚴重後果，應考慮停止奧美拉唑治療，密切監測血漿甲氨蝶呤濃度，並適當的採用亞葉酸解救，充分補液及鹼化尿液。
6、與酮康唑合用
奧美拉唑是脂溶性弱鹼性藥物，可能降低酮康唑的生物利用度，減弱其抗真菌作用。
7、其他
複方氨基酸與奧美拉唑配伍後可出現白色絮狀混濁物；維生素B6與奧美拉唑配伍後可變成黃色或茶色；奧硝唑與奧美拉唑配伍後可變成黃褐色；鹽酸氨溴索與奧美拉唑配伍後可出現乳白色渾濁；氨甲環酸與奧美拉唑配伍後可出現白色絮狀物。
另外，奧美拉唑化學性質非常不穩定，遇酸、熱和光照，氧化劑均易變質降解，當PH低於8時，很容易發生變色形成沉澱物。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。