碎石手術時會給與麻醉，疼痛感並不明顯。但在結石排出的時候，會引起輸尿管痙攣性的疼痛，所以在碎石的過程中是有可能發生疼痛的。
結石碎石的方法包括體外衝擊波碎石、輸尿管鏡碎石取石術、經皮腎鏡碎石取石術等。
體外衝擊波碎石治療：直徑不超過2cm的腎結石都可以進行體外衝擊波碎石。體外衝擊波碎石通過X線或超聲對結石進行定位，利用高能衝擊波聚焦後作用於結石，使結石裂解，直至粉碎成細砂，隨尿液排出體外。
輸尿管鏡碎石取石術：包括軟鏡和硬鏡，腎盂或腎臟結石常使用軟鏡。對於<2cm,透X線，體外衝擊波碎石困難的結石，可以選擇輸尿管軟鏡下的碎石。經輸尿管逆行進入腎盂腎盞，將結石擊碎後，再將結石取出體外。
經皮腎鏡碎石取石術：對於2cm以上的結石，推薦進行經皮腎鏡碎石取石術。經皮腎鏡碎石取石術在X線或超聲定位下，經面板、皮下組織到腎皮質，建立穿刺通道，用細針穿刺。建立通道以後，在腎鏡下取石或碎石。用超聲、鐳射或者氣壓彈道等方法，將腎盂內的結石打碎取出。
綜上所述，在碎石的過程中，有可能發生疼痛的情況，但一般來說都是可以忍受的，碎石之後，一定要多喝水，多排尿，從而促進結石的排出。
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