關於小柴胡顆粒的副作用鮮有報道，作為中醫臨床治療少陽證的解表類中成藥，小柴胡顆粒在說明書的“不良反應”項下也標註“尚不明確”。通過檢索文獻發現小柴胡湯有個別副作用的報道。由於小柴胡顆粒是小柴胡湯的現代劑型，因此可能也會出現類似副作用，具體介紹如下：
1.間質性肺炎。關於小柴胡湯所致間質性肺炎的報道較多，主要由於小柴胡湯與干擾素並用而引起。通過X線、病理檢驗和藥理學都已證實與小柴胡湯有關。
2.藥物性肝損傷。國內外均有柴胡所致藥物性肝損傷的相關報道，主要會導致黃疸、GOT、GPT升高等。
3.類腎上腺皮質功能亢進綜合徵。長期服用小柴胡湯會導致血壓升高、浮腫、水鈉瀦留及體重增加等醛固酮增多的表現。
4.藥物性膀胱炎。表現為排尿困難、尿痛、尿頻、甚至血尿。
5.消化系統症狀。如胃痛不適、食慾降低、噁心、嘔吐及腹瀉等。
6.過敏反應。面板出現紅斑及蕁麻疹等。
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