連花清瘟膠囊，清瘟解毒，宣肺洩熱。由於連花清瘟膠囊中的主要成分大多數是中藥，而且大多性屬涼性，因此如果患者長期、大量服用連花清瘟膠囊，可能會引發腹瀉、脾胃陽虛等副作用。連花清瘟膠囊導致的胃腸道系統損害主要表現為噁心、嘔吐、胃腸道不適、腹脹、腹瀉、消化道反應、腹部不適、食慾下降、胃痛等，且主要發生在藥後30min左右，空腹服藥時更為明顯。
此外涉及連花清瘟膠囊的皮疹、過敏性皮炎等面板過敏反應亦較多見，該組方中含魚腥草、苦杏仁、薄荷腦等藥材或其成方製劑均有導致過敏反應的報道。為了避免連花清瘟膠囊的副作用，應注意以下幾點：1、患者服藥時一定要遵醫囑，不得過量服用，病癒後即可停止服藥。2、如果沒有明顯的熱感冒或病毒性流感症狀，不宜用此藥進行治療。3、高血壓、心臟病患者慎用；有肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用；兒童、孕婦、哺乳期婦女、年老體弱及脾虛便溏者應在醫師指導下服用。
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