肺大皰一旦形成便不可逆轉，也沒有專門針對的藥物可以治療。
手術治療是唯一的處理方式。但是手術指徵需要嚴格把握，無症狀、單發、小面積的肺大皰一般情況下不需要處理。伴有原發病者需要先處理原發病，比如伴有慢性支氣管炎的患者，需要根據原因，給予抗炎或者抗病毒治療。肺大皰伴有肺部繼發感染時，需要根據痰細菌培養加藥敏試驗的結果，選用敏感的抗生素給予抗炎治療。
如果肺大皰面積大、有臨床症狀且肺部沒有合併其他病變的，可以考慮用手術的方式解決，切除肺大皰可以使受肺大皰壓迫的肺組織復張、增加有效呼吸面積，以使胸悶、氣短的症狀得到改善。
肺大皰破裂會引發氣胸，可以行胸腔穿刺或者胸腔閉式引流等方法治療，但是反覆發生的自發性氣胸也應手術治療，防止氣胸復發。
綜上所述，肺大皰本身是無法通過藥物治癒的，藥物只能治療其原發病，手術可以切除肺大皰病灶。
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