扁桃體是人體的一個免疫器官，兒童時期較為重要。因兒童全身免疫系統還不健全，如果切除的話，對兒童的免疫力會產生短時期的影響。所以說，扁桃體切除不適用於所有人，而是在一定的情況下才考慮進行扁桃體切除手術。
扁桃體切除需要有一定的手術指徵的，健康的情況下，扁桃體是不能切除的。只有出現手術指徵時，才可以考慮行扁桃體切除手術。當扁桃體反覆發炎化膿，一年超過3-5次的話，就可以考慮切除扁桃體，因為，這時扁桃體存在慢性炎症，如果長此以往反覆發炎的話，可能會對機體的其他系統產生不良的影響。對於兒童來說，如果不是反覆發炎化膿，而是出現睡眠打鼾、憋氣等症狀時，肥大的扁桃體也必須要切除，以免影響患兒的睡眠，導致睡眠時缺氧，張口呼吸，影響面容、身體和智力的發育。另外，扁桃體角化症和扁桃體的良惡性腫瘤也是要考慮切除病變的扁桃體的。對於惡性腫瘤來說，有些扁桃體是不需要切除的，而是要進行放療化療等綜合治療。
對於兒童來說，切除扁桃體最大的危害就是影響體的免疫力，而對於扁桃體出現手術指徵的患者來說，扁桃體切除是一種必須的治療手段
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