寶寶腹瀉需要根據其病因進行治療，所以藥物的選擇也需要根據病因進行。如果是由於感染引起的腹瀉，建議進行抗細菌、抗病毒治療，可適當給予抗菌、抗病毒藥物。對於非感染性腹瀉，可以吃蒙脫石散，有收斂止瀉的作用，還可以在醫生的指導下適當新增健脾養胃的中成藥，有助於腹瀉的恢復。
另外，還可以試著給寶寶補充益生菌，包括雙歧桿菌活菌製劑、乳酸桿菌活菌製劑，如媽咪愛，適用於消化不良、食慾不振、營養不良、腸道菌群紊亂引起的腹瀉、便祕、腹脹等病症。如果雙歧桿菌作用欠佳，還可以吃四聯活菌，能更有效的平衡腸道的微生物環境。
除此之外，寶寶腹瀉還需要排除是否是乳糖不耐受所致。如果是奶粉餵養的寶寶發生了乳糖不耐受，可以換成無乳糖奶粉。同時注意給孩子補充含鹽水分，避免脫水。平時要注意給寶寶吃新鮮的食物，不要吃隔夜的剩飯，不要吃生冷及辛辣刺激性食物，以防出現噁心、嘔吐、腹脹、腹瀉、腹痛等不適，影響寶寶的正常生長髮育。
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