支原體感染會對人體的精卵子及生殖系統造成一定損傷，女性感染後易出現流產、死胎和胎兒畸形等問題。
若備孕中的女性發現感染支原體，即便無異常症狀，也需積極治療，痊癒之後方可生育。若是在感染期間懷孕，所要面臨的風險較大，可以暫時保留胎兒，同時需積極去醫院進行治療，否則，孕婦支原體感染可導致胎兒出現畸形、甚至流產和早產等。
支原體感染的治療以口服藥物為主，尤其是常用於治療支原體感染的四環素類藥物，會對胎兒產生不良影響。因此對於孕婦支原體感染的治療，應去醫院詢問專業的醫生，儘量選用毒副作用較小的藥物。
因支原體感染及治療藥物都可能造成胎兒畸形等異常問題，所以感染支原體的孕婦在孕期一定要做好各類檢查，如在懷孕十四周左右可去醫院做唐氏兒篩查，二十二週左右可做四維彩超檢查胎兒是否出現畸形，若胎兒無異常，且支原體治療效果較好，也可生下正常寶寶。
感染支原體後懷孕易出現流產和胎兒畸形等問題，因此需積極治療，同時多觀察胎兒發育狀況，定期產檢十分重要。
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