胃鏡和腸鏡只能看到消化道最表面的一層(粘膜層)，有些病變表面是光滑的，來源於粘膜下(如粘膜下層、肌層、漿膜層);或有些病變位於胃腔外緊貼胃壁。
超聲內鏡檢查是將超聲探頭和內鏡技術結合，將內鏡送入消化道時，既可通過內鏡直接觀察粘膜表面病變，又可進行實時超聲掃描，以觀察消化管管壁各層組織結構及其鄰近器官的超聲影象，進一步提高了內鏡和超聲的診斷水平。超聲內鏡是目前消化內鏡最有發展前景的新技術。
1、適應證
(1)消化道惡性腫瘤(如食管癌、胃癌、結腸、直腸)：進行 TNM分期，但對M分期作用有限，以評估手術可切除性、預後和指導治療方案的選擇。
(2)粘膜下腫瘤(如平滑肌瘤等)；確定是管壁外病變、器官壓迫或管壁本身病變；判斷病變確切起源、性質、範圍；並指導治療方案的選擇。
(3)胰腺病變：對慢性胰腺炎的診斷是較好的輔助診斷和鑑別診斷方法，能較好的反映胰腺實質結構的改變。
(4)可顯示部分縱隔病變。
2、禁忌症
消化系超聲內鏡禁忌症基本上與普通胃鏡檢查相同。
3、診斷價值
(1)黏膜下腫瘤：EUS是診斷黏膜下腫瘤的首選方法。通過EUS，我們可以輕易排除腔外壓迫所致的假象，對黏膜下腫瘤可以清晰顯示病變來源於消化道壁的那一層結構，病變的大小、形狀、邊緣和回聲等情況。
(2)食管癌：判斷病變浸潤管壁的深度和周圍有無腫大淋巴結是EUS檢查的最大特點。
(3)胰腺疾病：傳統的胰腺檢查方法有體表超聲、CT、MRI和逆行胰管造影(ERP)。胰腺EUS的應用必須與傳統的胰腺檢查方法相對照，取長補短，才能得出最理想的診斷。目前公認EUS是發現胰腺微小病變最敏感的方法，可以發現僅2-3mm的病變。在EUS引導下細針吸取細胞學檢查能對胰腺早期微小病變作出定性診斷。應用EUS可以對胰腺癌進行TNM分期並判斷手術切除的可能性。對於胰腺囊腫，EUS不僅有診斷價值，而且可以進行穿刺內引流等治療。
(4)縱隔病變：縱隔病變的診斷目前主要依靠CT、MRI等無創檢查，但EUS對縱隔病變的定位、定性診斷具有重要的作用，尤其是對食管周圍的中縱隔和後縱隔的病變顯示較為精確。最具臨床價值的就是在EUS引導下進行細針吸取細胞學檢查，對縱隔不明來源惡性腫瘤的轉移性淋巴結、淋巴瘤、結節病等多種疾病的診斷有重要意義。
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