射精疼痛的原因很多，主要分為器質性，功能性和心理性三種。
射精疼痛的器質性原因主要包括有：精囊炎，前列腺炎，後尿道炎，尿路結石，泌尿系統腫瘤等：最常見的是附睪炎、前列腺炎、精囊炎等。射精時肌肉收縮引起疼痛。其次尿道後結石，尿道狹窄阻塞也可引起疼痛，射精管中的結石梗阻和先天性梗阻也可引起射精疼痛。功能性包括性交頻率過高，特別是白天性交後，會陰或陰囊疼痛。此外，性生活過於興奮，強烈的動作也可引起射精痛。心理性的包括性格不佳，或者因為性生活中的一些失敗，或者一些工作壓力等，導致焦慮太大，導致射精太多，誘發會陰肌肉的收縮，多數是由緊張的心理因素引起的。此外，一些陰莖頭特別敏感。當手接觸龜頭時，會有一種疼痛感。應該說它與心理因素有一定的關係。
綜上所述，射精疼痛的原因有這些種類，首先要排除感染炎症腫瘤結石，其次才能考慮功能性或者心理性因素。
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